В случае, когда подлежащий предоставлению эксперту для производства экспертизы объект исследования находится у иных лиц, суд решает вопрос об обеспечении эксперту свободного доступа к такому объекту. Если лицо, у которого находится объект исследования, не предоставляет его в распоряжение эксперта, суд истребует данный объект в порядке, предусмотренном процессуальным законодательством
возражения по поводу назначения экспертизы могут быть заявлены при обжаловании судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу.

Назначение судебной экспертизы в гражданском процессе

В гражданском процессе (ст. 79 ГПК) экспертиза назначается судом по своей инициативе при возникновении в процессе рассмотрения гражданского дела вопросов, требующих специальных знаний в различных областях науки, техники, искусства, ремесла. Проведение экспертизы может быть поручено судебно-экспертному учреждению, конкретному эксперту или нескольким экспертам.
Стороны и другие лица, участвующие в деле, имеют право просить суд поручить производство экспертизы конкретному эксперту или назначить ее в определенное судебно-экспертное учреждение, а также заявлять отвод эксперту. 
В связи с назначением экспертизы суд вправе предложить сторонам представить дополнительные доказательства. В случае если представление необходимых доказательств для сторон затруднительно, суд по их ходатайству оказывает содействие в собирании и истребовании доказательств (ст. 57 ГПК).

Вопросы должны быть конкретными, четкими и ясными, не допускающими двоякого толкования. Если вопросы взаимосвязаны, они должны задаваться в логической последовательности

Если судебная экспертиза назначается или специалист вызывается по инициативе суда, соответствующие расходы возмещаются за счет средств федерального (местного) бюджета. Суд, а также мировой судья может освободить гражданина с учетом его имущественного положения от уплаты расходов на производство судебной экспертизы или вызов специалиста или уменьшить их размер. В этом случае расходы возмещаются за счет средств соответствующего бюджета. Вознаграждение за производство экспертизы выплачивается судом независимо от взыскания средств со сторон.

Назначение судебной экспертизы в арбитражном процессе

В общем случае в арбитражном процессе суд назначает экспертизу по ходатайству или с согласия лиц, участвующих в деле (ст. 82 АПК). Арбитражный суд может назначить экспертизу по своей инициативе в случаях, когда: 1) назначение экспертизы предписано законом или предусмотрено договором либо необходимо для проверки заявления о фальсификации представленного доказательства; 2) требуется проведение дополнительной или повторной экспертизы.

При назначении экспертизы лица, участвующие в деле, вправе представить арбитражному суду вопросы, которые должны быть разъяснены, и предложить кандидатуры экспертов (ч. 2 ст. 82 АПК). У каждой из сторон есть право предлагать свои кандидатуры экспертов (ч. 3 ст. 82 АПК. Судебным экспертом может быть только лицо, обладающее такими специальными знаниями, которые необходимы для дачи требуемого заключения.
Согласно части 2 статьи 82 АПК РФ окончательный круг и содержание вопросов, по которым проводится экспертиза, определяются арбитражным судом, принявшим дело к своему производству.
Суммы, подлежащие выплате экспертам, вносит на депозитный счет арбитражного суда лицо, участвующее в деле, заявившее соответствующую просьбу. Если просьба исходит от обеих сторон, требуемые суммы вносятся сторонами в равных частях (ст. 108 АПК). В случае если в установленный арбитражным судом срок на депозитный счет арбитражного суда не были внесены денежные суммы, подлежащие выплате экспертам, арбитражный суд вправе отклонить ходатайство о назначении экспертизы, если дело может быть рассмотрено и решение принято на основании других представленных сторонами доказательств.

Основанием для отвода эксперта (ст. 21, 23 АПК, ст. 16,18 ГПК) является:
- проведение им ревизии или проверки, материалы которых стали поводом для обращения в арбитражный суд или используются при рассмотрении дела.
- если эксперт является родственником лица, участвующего в деле, или его представителя;
- если эксперт лично, прямо или косвенно заинтересован в исходе дела либо имеются иные обстоятельства, которые могут вызвать сомнение в его беспристрастности;
- если эксперт находится или ранее находился в служебной или иной зависимости от лица, участвующего в деле, или его представителя;
- если эксперт делал публичные заявления или давал оценку по существу рассматриваемого дела.